بررسی شبکه تنظیمی مؤثر در شروع شیردهی در بافت پستان گاو شیری با استفاده از داده‌های RNA-seq
نویسندگان
چکیده مقاله:
در این مطالعه به منظور درک بهتر شبکه تنظیمی درگیر درشروع شیردهی در بافت پستان گاو شیری، در ابتدا ژن های با بیان بالا با استفاده از تجزیه و تحلیل داده‌های RNA-Seq در سه حالت زیر شناسایی گردید: حالت اول) مقایسه بافت پستان گاو شیری در 35 روز قبل از زایمان با 3 روز بعد از زایمان ، حالت دوم) مقایسه بافت پستان گاو شیری در 7 روز قبل از زایمان با 3 روز بعد از زایمان، حالت سوم) مقایسه بافت پستان گاو شیری در 7 و 35 روز قبل از زایمان. به منظور بررسی گروه‌های کارکردی ژن-های معنادار با بیان بالا در سه حالت مختلف ذکر شده، از نرم-افزار DAVID استفاده شد. تنها عبارات معنادار(05/0 >P ) مربوط به مراحل بیولوژیکی در نظر گرفته شد. سپس توالی پروموتری این ژن‌ها جهت شناسایی فاکتورهای رونویسی کاندید درگیر در این مکانسیم استخراج شد. نتایج تجزیه و تحلیل پروموتری با استفاده از نرم‌افزار Genomatix منجر به شناسایی 24 فاکتور رونویسی کاندید جدید احتمالی مؤثر در مراحل تنظیمی شروع شیردهی گردید. افزون بر این، برای ترسیم شبکه‌های ژنی مرتبط با فاکتورهای رونویسی شناسایی شده در شروع شیردهی از نرم افزار STRING استفاده شد. با توجه نتایج بدست آمده از این پژوهش، 24 فاکتور رونویسی جدید شناسایی شدند که دارای پتانسیل مناسبی برای بررسی بیشتر در سطح آزمایشگاهی می-باشند و می‌توانند اطلاعات جدیدی را در درک بهتر شبکه‌ی تنظیمی مؤثر در شروع شیردهی در بافت پستان گاو شیری فراهم کنند.
منابع مشابه
شناسایی محاسباتی فاکتورهای تنظیمی مؤثر در بیماری برونشیت عفونی طیور با استفاده از داده‌های RNA-Seq
بیماری برونشیت عفونی یکی از بیماری‌های ویروسی بسیار عفونی و شایع طیور می‌باشد. در این مطالعه به منظور درک بهتر شبکه تنظیمی درگیر در بیماری برونشیت عفونی، در ابتدا ژن های با بیان بالا و مشابه با استفاده از تجزیه و تحلیل داده‌های یک مطالعه RNA-Seq در چهار حالت متفاوت شامل مقایسه‌ی بافت طحال جوجه‌های مبتلا به برونشیت با جوجه‌های سالم با غلظت پایین سرم مانوز باند شده با لکتین در سن یک هفتگی و سه هف...
متن کاملاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملاستخراج رابطه علّی- معلولی ترانسکریپتومی در بافت غدد پستانی گاو شیری با استفاده از شبکه بیزی
هدف از این مطالعه، شناسایی ژن‌های تنظیمی مؤثر در بروز بیماری ورم پستان در گاو شیری با استفاده از داده-های ریزآرایهDNA بود. بدین منظور فایل بیان ژنی با بیشترین تعداد آرایه و متعلق به پلتفرم افی‌متریکس GPL1221 با شماره دسترسی GSE24560از پایگاه GEO استخراج شد. برای آزمون کنترل کیفیت داده از بسته‌یArrayQualityMetrics و برای پیش‌پردازش داده‌ها از تابع Threestep بسته‌ی AffyPLM در محیط R استفاده شد. ...
متن کاملاستخراج شبکه بین زیست نشانگرهای ترانسکریپتومی ورم پستان گاو شیری ناشی از باکتری استافیلوکوکوس اورئوس با استفاده از ژنوم انسان
ورم پستان یکی از بیماری‌های عفونی غدد پستانی در گاوهای شیری است که در چند دهه اخیر، به عنوان یکی از مهم‌ترین بیماری‌هایی که منجر به ضرر اقتصادی در صنعت گاو شیری می‌شود، مورد توجه زیادی قرار گرفته است. وراثت‌پذیری ورم پستان پایین است و لذا مدیریت اصلاح نژادی آن کار سختی به شمار می‌رود. با توجه به اهمیت بیماری ورم پستان در مدیریت واحدهای پرورش گاو شیری و ساز و کار مولکولی پیچیده درگیر در این ب...
متن کاملبررسی انباشت اطلاعات در توالی DNA اشرشیاکولی موثر در بیماری ورم پستان در گاو شیری با استفاده از نظریه اطلاعات
سابقه و هدف: بیماری ورم پستان هزینه‌های زیادی را سالانه به واحدهای پرورش گاو شیری در کشورهای مختلف وارد می‌کند. ورم پستان ناشی از باکتری اشرشیاکولی، در گاوهای با تولید شیر بالا شایع بوده که همراه با تعداد کم سلول‌های بدنی در شیر است. شدت و تأثیر ورم پستان ناشی از باکتری اشرشیاکولی در بین گاوهای درون یک گله و همچنین در بین مراحل مختلف شیرواری یک گله متفاوت است. حالت شدید ورم پستان ناشی از باکتری...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 30 شماره 115
صفحات 193- 205
تاریخ انتشار 2017-08-23
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023